もぐさの原料はよもぎです。
よもぎの葉の裏側にある毛を集めたものがもぐさとなります。
江戸時代には、伊吹山麓一帯で生産される「伊吹もぐさ」がブランド化し、
優良もぐさの代名詞的な存在となりました。

茎とともに刈り取ったよもぎの葉のみを取り、筵（むしろ）などに広げて
日光に晒し天日乾燥させます。
十分に乾燥させると乾燥前と比べて重さは2割ほどになります。
乾燥したよもぎは、もぐさ製造を始めるまで、倉庫で保管します。

乾燥室によもぎを入れ、熱風をあててよく乾燥させます。
よもぎは既に天日乾燥していますが、天日干しだけでは乾燥が十分ではないため、
加熱乾燥によりさらに水分を取り除きます。
乾燥状態が悪ければ、後の工程で葉と毛の部分がうまく分離できず、
良質な「もぐさ」ができなくなります。
この後の臼びきの工程で細かく粉砕できるよう、念入りに乾燥します。

長通しで除去しきれなかった雑物を取り除くために、唐箕を使用します。
ここではもぐさ製造の担当者がもぐさの状態を見極め、求める品質に対して唐箕にかける時間を調整します。
加工前の原料の乾燥よもぎと、加工後のもぐさの重量比を歩留まり率と呼び、この数値を品質管理の一つの目安にします。
雑物の残留度合いやもぐさの繊維の目などの細かな品質は、ひとつひとつ担当者が目と手触りで確認します。
また、製造日によって品質に多少のばらつきがあるため、調合して品質を均一にします。